4.3への移行中なのですが、SkeletonRenderSeparatorを使用すると、MeshRendererのマテリアルが二重になってしまうようです。
{No Separator}
{With Separator}

また、こちらは原因不明なのですが、二重になった上、片方がnullのままになる（編集できない）事象も確認されています。
{With Separator and null Material}

macOS Tahoe 26.5
Unity 6000.3.11f1

Spine4.3

    "com.esotericsoftware.spine.spine-csharp": {
      "version": "https://github.com/EsotericSoftware/spine-runtimes.git?path=spine-csharp/src#4.3",
      "hash": "1ebd39eb0e1345b9386aaaef0c08f3e1a3eef5af"
    },
    "com.esotericsoftware.spine.spine-unity": {
      "version": "https://github.com/EsotericSoftware/spine-runtimes.git?path=spine-unity/Assets/Spine#4.3",
      "hash": "1ebd39eb0e1345b9386aaaef0c08f3e1a3eef5af"
    },
    "com.esotericsoftware.spine.urp-shaders": {
      "version": "https://github.com/EsotericSoftware/spine-runtimes.git?path=spine-unity/Modules/com.esotericsoftware.spine.urp-shaders#4.3",
      "hash": "1ebd39eb0e1345b9386aaaef0c08f3e1a3eef5af"
    },